納豆中富含優質蛋白質、能夠保持熱量代謝維持正常的維他命B群、淨化血液而促進血液循環的維他命E，以及防止貧血不可或缺的鐵，還有國人容易缺乏的鈣。
納豆是低熱量、低脂肪食品，含有豐富的膳食纖維，容易得到飽足慼，也能吸附體內多餘的脂肪或膽固醇。
不但營養均衡，而且幾乎不合膽固醇，直接承襲大豆的營養成分。此外，發酵後的納豆，具有強力的蛋白分解酶作用，能夠提高消化力，並且藉由納豆菌的發酵，產生獨特的風味。
納豆的脂肪，含有維持人體健康不可或缺的亞麻酸、亞油酸，還有人體無法自行製造的必須脂肪酸。
維他命方面，以B2的含量較多，也富含有「抗氧化維他命之稱的維他命E。一般植物中的B12含量微乎其微，但是，納豆中富含維他命B12，能夠預防惡性貧血，這是一大特徽。