1752年，法國生理學家雷歐瑪發現塞在金屬管中的肉溶解了，但他不知道原因為何。
1785年，意大利的拉劄洛·斯帕朗采尼將肉片放入有洞的空金屬筒中餵食老鷹不久後取出金屬筒，發現裡面的肉溶解了。
但是他並不知道為什麼肉會溶解，因此持續數十年進行實驗。後來發現具有溶解肉的作用的物質，並將其命名為胃蛋白酶。他就是蛋白質分解酶的最初發現者。
1883年，法國的培安和培洛裏將磨碎麥芽的液體作用於澱粉，結果發現澱粉被分解，於是將這個分解澱粉的物質命名為Diastase -也就是現在所謂的澱粉酶。
菠來，Diastase在法國成為用來表示所有酵素的名稱。
1836年，德國盧萬大學教授休汪在進行胃液實驗中，發現胃液中存在著具有溶解肉的作用的物質，這個物質一旦遇熱就會失去作用，只有在強酸狀態下才會發揮作用。
這個在胃液中能夠溶解肉的物質，將其命名為胃蛋白酶，後來又陸續發現很多酵素。
只要少量的酵素就能夠對大量的物質產生作用，其反應是在水中會活化，在接近中性的嗽碹、攝氏37度左右時，反應最為活化（胃蛋白酶例外，在強酸下產生作用）。
「酵素」這個名稱的使用，始於十九世紀後牛，英文是 enzymeo在希臘文中，enzyme的意思是「在酵母中的東西」，這是1872年由居尼所提出的。
就算使用碾碎的酵母代替活酵母，仍然能夠讓酒精發酵，這是布夫納兄弟最早發現的，但是卻不知道酵素是由什麼東西構成的。
1926年，美國生物化學家索姆納(J. B．Sumner, 1887—1955 )成功的從刀豆中萃取出脲酶結晶。事實上，這個結晶是蛋白質。索姆納萃取出蛋白質分解酶胃蛋白酶，以及胰液的蛋白質分解酶胰蛋白酶，還有蛋白質結晶胰凝乳蛋白酶.
酵素的實體是蛋白質，1946年，索姆納和美國生物化學家諾思羅普(J. H。 Nortrop,1891- 1987 )因此而獲得諾貝爾化學獎。。分享同年諾貝爾化學獎的另一位得主是美國生物化學家、病毒學家斯坦利( W .M． Stanley, 1904；1971).
此外，蛋白質的分子是由一連串的氨基酸彩或溝巨大分子，分子量從一萬到數百萬，氨基酸的數目則從一百個到數萬個連結而成。
蛋白質是酵素的實體，但卻不是本質，只不過是酵素的骨骼而已。
「酵素是蛋白質」的錯誤想法，使得酵素營養學的研究遲遲未有進展。
索姆納認為「酵素是蛋白質」因而獲得諾貝爾獎，結果卻產生了「攝取蛋白質就可以攝取到酵素」的誤解。以此為基礎，其後的六大營養素中就沒有包括酵素在內了。