而文化與生活型態除了原住民自然發展、形成昔之外，主要還是從中國、經朝鮮（韓國）傳輸到日本；依據歷史記載，這條傳輸管道以秦漢至唐朝時最暢通，也最頻繁。當時的「遺唐使l不但源源不絕地輸入中土文化，也將膳食型態、建築、衣著與風俗習慣等帶至日本，即使到今天，有些中國已經看不到的古文化遺跡，部份還在日本保留下來；譬如白牆藍瓦的所謂「日式建築乚，其實正是唐代建築風格之壹，而所謂的「和服」，包括韓國人的傳統服飾，都可以看到盛唐時期的影子。
納豆由唐代高僧鑒眞所攜的豆豉變化而來
就飲食文化而書，其影響也明顯可見。譬如日本人自認為醬油、味贈、清酒等發酵食品為其獨特發明，但識者都知道其根源也在中國；例如根據記載，「醬油」是由南宋的覺心稻尚帶到日本，而味魯的「噌」字其實是「儈」的隱喻；因為當時負責文化傳遞重任的幾乎都是僧侶，味魯」意指僧侶所吃的食物，為了淡化外來的色彩，。才將人字旁改為口字，變成「味噌」。即使日本視為飲食文化代表的「納豆」。嚴格說起來也跟中國有很深的關連。
依據日本的歷史記載，納豆最早出現在西元1053年，藤原明衡所寫的『新猿樂記」一書中，至今已經有上千年歷史。所謂「納豆」，指的是「納所之豆」。麗「納所」 就是日本的寺廟廚房，由於當時寺院內的僧侶以黃豆等豆類作為飲食中蛋白質的主要來源，因此納豆也稱為「寺納豆」。據傳這種發酵黃豆是西元七五四年，唐代高僧鑒眞和尚赴日博經時隨身攜帶的配飯食物，原名「豆豉」，後來離開時就將製作方法也傳給寺中儈侶。從此這種發酵黃豆就成為日本各地寺廟的特產，三百年之後才出現在文字記載之中。
另外一種說法則是早在二千三百年前，即日本的繩文時代，納豆的原料「黃豆」 即由中國傳入日本。由於當時佛教極為盛行，寺中僧侶不吃肉，都以豆類作為蛋白質的主要來源，為了變換口味而發展出多種黃豆製品，納豆就是其中之一，但其特色則是在無意間發現、製作出來的。
相傳有一次煮好的黃豆沒有吃完，就順手以稻草包裹後放在室外，結果竟然忘記收藏，直到幾天後想起來時，發現黃豆已經長黴。因為覺得可惜，就試著洗過之後吃吃看，不料雖然氣味不佳，但口感極為綿密，食用過後不但沒有不良反應，似乎更有助撿消化，所以就這樣流傳了下來。
還有一種說法是在日本的戰國時期，武士出外打仗都以稻草包裹煮熟的黃豆當作便當，有一次因為戰事緊急、來不及吃，等到想吃時已經發黴了。但因為肚子餓，又沒有其他食物可吃，只能勉強裹腹，結果發現另有一種風味。所以以後就利用稻草包裹煮熟黃豆、讓其發酵的原理來製作，成為納豆的濫觴。疽到科學發達、進一步研究之後才知道，煮熟的黃豆包在稻草中，稻草上的枯草菌會在黃豆上繁衍，產生粘稠物，不僅具有特別的氣味，並且耐於久藏。但現代化的納豆生產已不再以稻草包裹，改用人工培養的純粹枯草菌為種菌培養，生產速度快，品質也更為穩定。